MoHik1p ist ein Protein, das für den Wirkmechanismus von Fludioxonil, einem weit verbreiteten Fungizid, entscheidend ist. Der genaue Mechanismus ist jedoch noch unklar, und wir wollen MD-Simulationen nutzen, um tiefere Einblicke in die Protein-Ligand-Wechselwirkungen zu erhalten.

Ihre Aufgabe wird es sein, MD-Simulationen zu erstellen, die grundlegenden Konzepte der Simulationsmethoden zu erlernen und die Ergebnisse zu interpretieren. Die Simulationen werden mit der gängigen Simulationssoftware Gromacs durchgeführt, während die Analyse in VMD und mit Python-Modulen wie MDAnalysis erfolgt.

Grundkenntnisse in Python sowie MD Simulationen sind erforderlich. Es wird im Rahmen des Projektes mit Linux gearbeitet. Sie brauchen aber keine grundlegenden Linux-Kenntnisse, da Sie es im Rahmen des Projektes lernen werden.